Laboratorium Komputer I terletak di kampus I IAIN Samarinda jalan KH. Abul Hasan, No. 3, Kel. Pasar Pagi, Kec. Samarinda kota, yang tersedia fasilitas 23 Komputer, 1 Proyektor LCD dan layar LCD yang disediakan untuk memfasilitasi mahasiswa, dosen, maupun karyawan FUAD dan Pascasarjana IAIN Samarinda.

Laboratorium Komputer II terletak di kampus II IAIN Samarinda jalan H.A.M Rifaddin Samarinda Seberang, yang tersedia fasilitas 48 Komputer, 1 Proyektor LCD  dan layar LCD yang disediakan untuk memfasilitasi mahasiswa dan dosen FTIK, FASYA, FEBI dan civitas akademika. Laboratorium komputer ini tidak hanya digunakan untuk keperluan belajar dan pekerjaan saja, tetapi juga dapat digunakan untuk pelatihan, maupun kegiatan lainnya.